捐献骨髓在手术室完成，捐助者需要全身麻醉（给予药物使他们陷入深度睡眠，所以不会感到疼痛）。骨髓细胞从骨盆（髋）骨的后面取出，需要大约1到2个小时。在大多数情况下，捐助者可以在几个小时内或第二天早晨离开医院。
　　因为只有少量的骨髓被去除，捐赠者的风险不大，严重并发症很少见。捐助者有时会感觉臀部背部疼痛、瘀伤和酸痛，通常持续几天。有些人会感到疲劳或虚弱，有几天会出现走路麻烦。
　　捐赠者有时要服用铁补充剂，直到红细胞数量恢复正常。大多数捐助者在2～3天内恢复正常，但有时需要2～3周才能完全恢复正常。因捐赠而减少的骨髓细胞将在4～6周内恢复正常，在此期间，捐助者的风险没有增加。在世界各地的移植中心，骨髓捐赠者年龄从不到1～60岁或70岁。
　　捐赠骨髓相关的最严重的风险是在手术过程中使用麻醉。罕见的并发症包括麻醉反应，感染，神经或肌肉损伤，输血反应（如果需要输别人的血液，如果患者输自己的血液不会发生输血反应），或在针插入部位受伤。诸如喉咙痛或恶心的问题与麻醉有关。

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